根据2001年《马拉喀什协定》，清洁发展机制项目从开始准备到实施，最终产生减排量，需要经过以下主要阶段：
　　项目设计：清洁发展机制项目的概念设计阶段。
　　参与国的批准：一个清洁发展机制项目进行注册，必须由参加项目的每个缔约方的国家清洁发展机制主管机构出具该缔约方自愿参加该项目的书面证明，包括东道国指定的国家清洁发展机制主管机构对该项目可以帮助该国实现可持续发展的确认。

 
　　项目审定：相关的技术准备工作完成之后，项目企业选择合适的独立经营实体（DOE），签约并委托其进行CDM 项目的审定工作，基于项目开发者提交的项目设计文件，DOE对CDM项目活动进行审查和评价。
　　项目注册：如果独立经营实体DOE经过审定，认为该CDM项目符合清洁发展机制项目的核实要求，它会以核实报告的形式向清洁发展机制执行理事会提出项目注册申请。如果执行理事会的审查通过，该项目可以进行注册。
　　项目实施、监测和报告：注册之后，清洁发展机制项目就进入具体实施阶段。项目企业根据经过注册的项目设计文件中的监测计划，对项目的实施活动进行监测，并向负责核查和核证项目减排量的签约经营实体报告监测结果。
　　项目减排量的核查和核证：所谓核查：是指与项目企业签约的经营实体对注册的CDM项目在一定阶段的减排量进行周期性的独立评估和事后决定。所谓核证，是指该指定经营实体以书面的形式保证某一个CDM项目的活动实现了经核实的减排量。根据核查的监测数据，经过注册的计算程序和方法，经营实体可以计算出清洁发展机制项目的减排量，并向执行理事会提交核证报告。

　　CERs的签发：CERs是指核准的温室气体减排量。指定经营实体提交给执行理事会的核证报告实际上就是一个申请，请求签发与核查的减排量相等的CERs.